1、学科交叉，实现工程与管理的有机结合
学院的交通运输工程学科源远流长。1909年，晚清邮传部上海高等实业学堂（上海交大前身）开设船政科（航海专科），首开中国近代高等航海教育之先河。1918年创办铁路管理专科，是中国近代教育史上最早的交通运输规划与管理学科；1927年改称交通管理科；1928年成立交通管理学院，同年改名铁道管理学院。1952年全国院系调整，铁道管理并入北京交通大学，有力支持了新中国的高等教育事业发展。
1979年，学院重建管理学科，创办交通运输研究所。作为服务上海国际航运中心建设战略需求的重要举措，1995年学院开设交通运输（国际航运）本科专业。1997年成立国际航运系，这是国内最早设立和最具影响力的航运系之一。2000年获得“交通运输规划与管理”、“载运工具运用工程”硕士学位授予权。2001年开始，学科在 “交通运输工程”和“物流工程”两个工程硕士领域招生。近年来，为适应形势的变化，学科积极向综合交通运输方向拓展。2009年“交通运输工程”成为全国首批全日制工程硕士培养点，2010年获批设立“交通运输工程”一级学科硕士点。在土木工程（交通运输方向）和船舶与海洋工程（海洋运输方向）招收博士生和进行博士后培养。2013年10月，国际航运系更名为交通运输与航运系。
2、以航运为特色的综合交通运输与管理专业
学科定位为“以航运为特色的综合交通”，发展目标为“国际化的精品交通”。积极发挥学科交叉、师资、生源、国际化和人才培养质量等五大优势，与海洋水下工程科学研究院共建交通运输工程学科,学科发展不断提速。对外依托上海国际航运中心建设的国家战略，对内依托上海交大船舶与海洋工程、管理科学与工程的强大实力，在国内同类学科中，处于前沿水平。
3、国际化师资队伍和国际化的培养理念和行动
随着近年学科研究力量加强，师资队伍建设不断完善，形成一支综合交通运输的高水平师资队伍。目前，全系70%师资拥有国外知名大学博士学位，全部具有海外学习、工作经历。
交通运输与航运系极为重视国际化合作办学，其副教授及以上职称教师均具有海外排名前100名高校的博士学位。在本科学习期间，我系学生有诸多机会去境外一流院校如瑞士苏黎世高工、柏林工大、新加坡国立大学、香港理工大学交流（半年至一年）。除海外游学计划外，我系与美国佛罗里达大学、英国纽卡斯尔大学、澳大利亚新南威尔士大学等多所学校建立联合办学，建设本硕联读项目，重在培养国际一流高端人才，拓宽学生国际化视野，为学生进入北美大学深造的提供更多机会。
4、小而精细化的教学与人才培养和全面的导师制
多年来本着“起点高、基础厚、要求严、重实践、求创新”的教学传统，依托学校雄厚的科研、教学力量，上海交大交通运输工程学科已为国内外各类交通航运企业和科研机构培养了大量高素质的交通、航运、物流等多个领域人才，校友遍布长三角和珠三角。人才培养质量不断提高，本科生全面实行导师制，大学生课外科创活动和社会实践活动覆盖全体学生，近4年来获得各类科创竞赛奖项100余项，涌现出包括校十大三好学生标兵在内的一批优秀学子。每年组织研究生招生优才夏令营和国际暑期学校，吸引了大批境内外优秀学子参加。本科和研究生专业正在同步建设成为全英文专业，与澳大利亚、英国、新加坡等地多所大学开展联合办学，越来越多的本科生参加各类海外游学项目，为本校研究生开设了双硕士项目，大力发展留学生教育。
本科生全面落实导师制，从大二起为每位本科生配备一名专职教师，帮助同学尽快适应大学学习。同时给予学生更大的个性化发展空间，使得科研、就业等不同志向的同学在科研基础、就业技能等方面得到有针对性的培养和提高。积极组织学生参加全国大学生物流设计大赛，交通科技大赛、水运论文大赛及数学建模竞赛和全国、市级、校级各类大学生课外科创项目，有力提升了人才培养质量。
5、良好的就业去向和追求卓越的学生成就专业培养的良好口碑
近年来，70%以上的本科毕业生选择继续攻读硕士或者博士研究生，约40%的本科毕业生赴境外一流高校继续深造。本科毕业同学的就业去向有：政府部门（建交委、交通局、海事局等）、事业单位（城市交通信息中心、航运发展中心、航交所等）、交通相关规划设计院所、各类企业（航运企业、物流公司、交通投资公司等）、交通基建相关金融投资机构（银行、投行、融资租赁公司等）。我系毕业生口碑非常好，综合素质高、做事踏实、理性、肯吃苦，这些特点业已成为业界共识。
